Ce cépage rouge est originaire de France. Le nom est probablement dérivé du mot français pour merle (merle), car ces oiseaux aiment grignoter les baies, qui sont très sucrées lorsqu'elles sont bien mûres. Cependant, le nom peut aussi être une allusion à la coloration noire-bleue des baies, semblable à celle de l'oiseau. Il existe plus de 60 synonymes, qui témoignent de sa diffusion mondiale. Les plus importants sont Alicante Noir, Begney, Bigney, Bigney Rouge, Bini, Black Alicante, Blue Merlot, Bordò, Cabernet del Cleto, Crabutet, Crabutet Noir, Crabutet Noir Merlau, Hebigney, Higney, Médoc Noir, Merlau, Merlot Noir, Merlot Bleu, Merlot Crni, Merlot Nero, Merlot Noir, Merlott, Merlou, Picard, Pikard, Plant Médoc, Saint Macaire, Sémillon Rouge, Vidal et Vitraille.
Il ne doit pas être confondu avec les variétés Carmenère, Menoir ou Saint-Macaire, malgré des synonymes ou des similitudes morphologiques apparemment suggestifs. Les vignes de Carmenère et de Merlot étant très semblables en apparence, les vignes importées d'outre-mer étaient très souvent plantées en ensembles mixtes dans le vignoble. Pour cette raison, on a longtemps cru à tort que le cépage Carmenère était une variété de Merlot au Chili. Dès 1999, des analyses d'ADN effectuées par le Dr Ferdinand Regner (Autriche) ont permis d'identifier le Cabernet Franc (père) comme le parent du Merlot. Mais ce n'est que dix ans plus tard, en 2009, que Jean-Michel Boursiquot a identifié la Magdeleine Noire des Charentes (mère) comme étant le second parent.
Les variétés Abouriou, Cabernet...
