L'origine du pinot noir fait l'objet de nombreuses hypothèses. Une filiation avec l'ancien cépage allobrogica mentionné par Columelle (1ère moitié du 1er siècle) et Pline l'Ancien (23-79) n'est pas vérifiable. Il manque des preuves génétiques ou botaniques pour étayer l'hypothèse selon laquelle il serait arrivé en France depuis l'Égypte via la Grèce. Que l'empereur Charlemagne (742-814) l'ait amené sur le Rhin et l'ait fait planter dans son palais d'Ingelheim (Hesse rhénane) n'est pas prouvable (mais pas impossible). Que son arrière-petit-fils Charles III dit le Gros (839-888) ait fait planter le cépage en 884 près du lac de Constance dans son "vignoble royal" n'est pas prouvé, car le document en question ne mentionne aucun nom de cépage. Enfin, l'origine italienne supposée sur la base du synonyme Clevner est également improbable.
On pense que le pinot noir est originaire de la région située entre le lac Léman (Suisse) et la vallée du Rhône (France). L'ordre cistercien l'a introduit au Moyen-Âge dans le Rheingau, d'où il s'est ensuite répandu dans toute l'Europe. Selon la variante la plus probable, le terme français "pinot" dérive de la forme allongée des raisins de pinot, qui ressemblent assez au cône d'un pin (en français "pin"). Les cépages de pinot ne constituent cependant pas une famille, car cela implique à tort des relations de parenté différentes. Ils sont plutôt issus de mutations d'une variété de pinot. Les mutants clonaux, qui sont des descendants "légèrement" modifiés par rapport aux mutants, en font également partie. En tout cas, au Moyen-Âge, ils comptaient parmi les cépages franconiens les plus "nobles":
